[!]: Хронология событий по сериалу до предлагаемого сюжета датируется эпизодом 2.5. за некоторыми исключениями.

Первая команда была послана на планету по сигналу, поступившему с идентификатором дженаев, однако подверглась обстрелу неизвестных. Убегая от преследователей, Родни вовремя успел открыть врата, и все последовали за ним, но в последний момент гарпун вонзился в спину Джона, он упал, и врата закрылись, не дождавшись его. Подняв голову, Шеппард с удивлением увидел стрелявшего – это оказался якобы мертвый коммандер Дженаев Акастус Коля. Шеппарда доставили на другую планету и поместили в камеру в секретном бункере - ожидать своего часа. Как выяснилось, он здесь не один, и в соседней камере такой же узник, захваченный дженаями. Джон не был бы Джоном, если бы не попытался сбежать. В это время Элизабет Вейр проводит на Атлантиде собственное расследование, пытаясь выяснить, куда пропал Шеппард, а помочь ей в этом может только нынешний лидер дженаев, которому был известен идентифицирующий код. Вот только стоит ли ему доверять и не хитроумная ли это ловушка дженаев?