16-17 января 2004 — прибытие землян на Атлантиду. Знакомство с атозианцами. Первое знакомство с рейфами. Убийство полковника Самнера.

23 января 2004 — МакКею привили ген Древних. Знакомство землян с «энергетической тенью».

29 февраля 2004 — Джон Шеппард был атакован инопланетным жуком Иратус.

3-5 марта 2004 — после многочисленных стычек с рейфами случается конфликт с атозианцами. Открытие материка. Нахождение устройства-передатчика. Первый плененный рейф. Переселение атозианцев на материк.

6 апреля 2004 — знакомство с «Планетой Детей». Нахождение почти истощенного МНТ.

8-18 мая 2004 — прибытие на планету Хофф. Создание вакцины.

22 мая 2004 — знакомство и открытие секрета дженаев. Прибытие на улей с целью сбора информации.

15 июня 2004 — открытие планеты с энергетическим туманом. Джон, Элизабет, Тейла, Родни и Форд попадают в иллюзию-проекцию Земли, созданную туманом.

20-22 июля 2004 — атака дженаев на Атлантиду.

28 августа 2004 — Шеппард, МакКей и ещё двое ученых, исследуют спутник древних. Улавливают слабый сигнал бедствия с ближайшей планеты. Обнаруживают пустой поврежденный улей с рейфом-каннибалом на борту.

5 сентября 2004 — во время осмотра повреждений, нанесенных штормом, двое ученых заражаются неким вирусом. Он вызывает галлюцинации, разрыв сосудов головного мозга, смерть от повреждений наступает через несколько часов. Город объявляет карантин.

29-30 сентября 2004  —  знакомство с планетой, охраняемой вознесшейся Древней  - Чаей Сар, или, по мнению людей, живущих на той планете -  богиней «Атар».

14 октября 2004  — в одном из отсеков Атлантиды Тейла, Шеппард и Форд находят стазисную капсулу с женщиной, что провела там 10000 лет. Они оживляют её, считая, что она древняя. Однако она — доктор Элизабет Вейр, перенесшаяся на машине времени в будущее и познакомившаяся десять тысяч лет назад с Древними, и один из них – Янус -  помог ей спасти город от затопления.

28 октября 2004 — Шеппард с командой ищут МНТ на одной из планет из списка старой Вейр. «Потентиум» у них вскоре забирает новое Братство, желая вручить его именно Древним.

18 ноября 2004 — на Атлантиду нападает стрела, сканирует, высаживает рейфа и само ликвидируется, передав данные в космос. Атлантийцы узнают о надвигающихся рейфах. Они прибудут через две недели. На совете принимается решение отправить на землю личные сообщения и все данные о рейфах, если те смогут когда-то добраться до Земли.

1 декабря 2004 — все узнают об особенном даре Тейлы и про историю ее предков.

3-8 декабря 2004 — осада Атлантиды. Побег Форда. Спасение Атлантиды с помощью маскировки.

17 декабря – 10 января 2004 — полет на Дедале на Землю.

10 января – 10 февраля 2005 — прибытие на Землю. Отбор нового персонала. Присоединение Дженнифер Келлер к экспедиции.

7-8 марта 2005 — атака земного корабля «Дедал» инопланетным вирусом. Прибытие на Атлантиду.

4-6 апреля 2005  — пытаясь найти Форда команда Шеппарда натыкается на неизвестного им беглеца от рейфов  - Ронона Декса.

10-15 апреля 2005  — путем неправильного извлечения доктора МакКея из стрелы в его голову подселяется кошмар наяву  — девушка лейтенант Лора Кедмен. Принятие Ронона Декса в команду.

28 апреля 2005  — команда Шеппарда попадает на планету с развитой цивилизацией, которые откупаются от рейфов, кормя их заключенными.

15-17 мая 2005  — команда Шеппарда обнаруживает планету с сильным оружием. Путем экспериментов Родни уничтожает 5\6
солнечной системы.

7-11 июня  2005  — команда Шеппарда натыкается на деревню на одной из обитаемых планет, где живет монстр – «Деймос». В лесах той же планеты они обнаруживают и молодую «королеву» рейфов. Желая стать человеком, она вкалывает себе ретровирус доктора Беккета, что влечет за собой ее смерть и заражение Джона Шеппарда, с последующим исцелением.

16-17 июля 2005  — изучая технологии Древних атлантийцам удается найти старый потрепанный корабль Древних – «Аврору» Изучая его они узнают, что он недавно обнаружен рейфами и те пытаются усовершенствовать за счет него свои гипердвигатели. Стараясь не дать рейфам заполучить такую технологию, весь эпипаж «Авроры», что был в стазисе, погибает при уничтожении корабля.

21-26 июля 2005  — неизвестные нападают на команду Шеппарда и берут их в плен. Оказывается, что это банда Форда, который мечтает доказать, что не сошел с ума. Подсадив на фермент всех, кроме Джона, он разрабатывает план по уничтожению ближайшего к ним улья. По ходу миссии лейтенант Форд погибает, взрываясь на инопланетном улье.

8 сентября 2005  — Джон попадает в поле расширения времени и «несколько месяцев» проводит среди фанатиков, мечтающих вознестись.

5 октября 2005  — земной корабль «Дедал» покидает Атлантиду, но ему приходится вернуться и передать сообщение от КЗВ – на Атлантиде бомба. В ходе расследования оказывается, что бомбу заложил Стивен Колдвелл, разум и тело которого были захвачены гоаулдом.

29-30 октября 2005  — команда Шеппарда попадает в незнакомое аграрное общество, которым правят потомки Древних – королевская семья лорда-защитника. Оказывается, что они живут в копии Атлантиды, только не знают об этом и используют ее, как свой монарший дворец.

13 ноября 2005  — исследуя космос, Джон и его команда находят две капсулы. Их доставляют на Атлантиде. Беккет говорит, что в них находятся еле живые люди. В осматривающую их доктора Вейр вселяется Фибус, она просит Шеппарда принять сознание ее «мужа». И когда сознание мужчины оказывается в Джоне, все понимают, что пара  - не супруги, а злейшие враги.

8 декабря 2005  — исследуя одно из развитых обществ, Родни находит корабль Древних  — Гипофалкус, названный в честь одного из погибших генералов. Элизабет приходит на планету, что бы договориться о его передаче. Но все идет не так, и оказывается, что исследовательская база и сам корабль находятся в центре супервулкана.

28-30 декабря 2005  — Шеппард и его команда натыкаются на человека по имени Люшес Лавин, который очаровывает всех с помощью неизвестного зелья. Попав с помощью Беккета на Атлантиду, он чуть не подчиняет себе базу. Всех спасает Джон и его простуда, которая пришлась как нельзя кстати.

2 января 2006  — на Атлантиду нападает корабль улей. Из-за неожиданности щит не был поднят вовремя, и Элизабет Вейр и еще несколько атлантийцев пострадали до его поднятия. Корабль был нейтрализован и не успел передать координаты базы другим ульям, однако принес большой урон городу.

5-8 февраля 2006 — ради семьи Джинни — сестре Родни МакКея — пришлось оставить карьеру блестящего ученого. Но видимо, гениальность — семейная черта МакКеев, поэтому однажды Джинни изобретает альтернативу МНТ, что сразу же заинтересовало командование Звёздных Врат. Она прилетает на Атлантиду и помогает брату с разработками, но все опять идет не так и в их реальность, что бы спасти свою, переносится альтернативный МакКей.

14 февраля 2006 — команда атлантийцев пытается вернуться на базу, но попадает под обстрел, когда врата оказываются недоступны. В это время соратники Шеппарда начинают вести себя странно, попав под влияние технологии рейфов. Позже и вся окружающая действительность начинает казаться неестественной.

3-5 марта 2006 — Тейлу преследует видение что-то кричащей женщины и обгоревшего мужчины. Беккет наблюдает за медицинской бригадой, оперирующей человека с сильнейшими ожогами, но внезапно видение исчезает. В это время МакКей работает над устройством для общения с атлантийскими косатками. Неожиданно оказывается, что они подражают языку древних.

13-16 марта 2006 — Благодаря машине древних, у МакКея возросли умственные способности. Его мозг может понимать вещи, которые остальным не подвластны. Он хочет перепрограммировать использование Атлантидой МНТ, а остальные даже не представляют, что он делает. Позже выясняется, что машина древних была предназначена для изменения ДНК, чтобы приблизить человека к вознесению. Но ментально к этому нужно было готовиться всю жизнь. Если подвести тело к вознесению, когда мозг будет к этому ещё не готов, человек просто умрет.

28 марта 2006 — заканчивается разработка и открывается межгалактический мост «МакКея-Картер».

17-18 апреля 2006  — на одной из планет в Рононе узнают бывшего беглеца и схватывают команду Шеппарда вместе с ним, что бы передать рейфам. Ронон торгуется и требует отпустить свою команду домой. Когда его забирают рейфы, то высаживают на Сатеде, где начинается охота.

20-21 мая 2006  — Лидон Радим использует в атлантийцев в своих целях, желая устроить государственный переворот. В итоге он становится лидером и заключает с Атлантидой союз. В обмен на сотрудничество и мир Элизабет обещает помочь лечить дженаев от последствий радиации.

18 июня 2006  — Родни вызывается испытать только что отремонтированный прыгун под водой, взяв с собой только одного пилота. Машина выходит из строя и несколько часов МакКей сидит в прыгуне, что постепенно погружается на дно океана. Его спасают Джон и Радек, заметившие кита, который кружил вокруг прыгуна, привлекая к нему внимание.